公司并购的出资方式有3种：现金收购、股票收购和综合证券收购。不同的出资方式有不同的税收处理方法。
（一）现金收购
目标公司的股东收到对其所拥有股份的现金支付，就失去了对原公司的所有者权益。目标公司的股东应就其在转让股权过程中所获得的收益缴纳所得税，以转让股权所得扣除股权投资成本后的净收益作为计税依据。因此，如果采用现金收购方式，就要考虑到目标公司股东的税收负担，这样势必增加收购成本，若非如此，收购协议可能无法达成。在现金收购方式下，如果采用分期付款的支付方式，可以为目标公司股东提供一个安排期间收益的弹性空间，减轻他们的税收负担。
（二）股票收购
股票收购指收购公司通过增发本公司的股票替换目标公司股票或购买目标公司的资产，从而达到收购的目的。采用股票收购一方面收购方不需要支出付大量现金，通过换股兼并，即可达到追加投资和资产多样化的财务管理目的；另一方面目标公司的股东由于既未收到现金，也没有实现资本收益，因而无须因此而支付所得税，同时也不会因此丧失他们的所有者权益。我国税法规定，如果合并企业支付给被合并企业或其股东的收购价款中，除合并企业股权以外的现金、有价证券和其他资产不高于所支付股权票面价值 20%的，被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。采用股票收购要求资本市场发展比较成熟、稳定、收购方的股票价值较高，经营状况稳定，否则，目标公司股东可能宁愿选择现金支付的形式。另外，股票收购会导致收购公司控制权的分散，这也是在决定采用这种收购方式之前必须考虑的。
（三）综合证券收购
综合证券收购指收购公司对目标公司的出价为现金、股票、认股权证、可转换债券等多种形式证券的组合。这种出资方式为税收筹划提供了较大的空间。比如向目标公司股东发行公司债券，以此来换取他们手中所持的股份，收购方达到了控制目标公司的目的，目标公司的股东变为收购方的债权人。这种出资方式可以为收购方节省一笔税收支出，因为债券利息是可以在税前扣除的。综合证券收购方式在国外运用得较为普遍，由于我国证券市场还不够成熟，各种金融工具还没有完全发展起来，因此这种收购方式在我国应用较少。